《口袋妖怪商城版》商店系统中商品琳琅满目应有尽有，玩家可以利用金币和钻石来合理的换购商店出售的装备或道具，这样可以大大节省玩家后期为装备而奔波的窘境哦。
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通过主城的商店建筑进入商店系统，神秘商店每次随机出售固定6种物品，每种物品有限制出售数量，同时商店中定期会出售一些打折的装备道具，有需要的玩家千万不要错过打折的机会哦。如果对出售的商品没有中意的也可以消耗30个代币来手动刷新更换出售的物品，当然啦，每4个小时也有一次免费刷新的机会。在商店系统中“金币祈愿”可以看成是一个特殊商店，用钻石换购金币。
在《口袋妖怪商城版》游戏中商店物品还是很丰富的，玩家不妨每天都进神秘商店免费刷新一次，说不一定就有你心仪的商品正在打折，这样你就大大的赚到了。
