在远古的九州大陆上，神、仙、魔三界争斗不休。旷日持久的战争，带走了无数三界战士的生命。然而让他们意想不到的是，在他们彼此攻伐的同时，一股新的势力悄然崛起——鬼族！在三界之战中死去的战士化作厉鬼，带着灭世的怒火涌向九州大陆。神、仙、魔三界触不及防，节节败退。为了抵御鬼族的入侵，神仙魔三界终于停战，结成联盟。并使用各自神器，天剑、雷神之锤、大地之根创造出新的种族——人类三界从人类中召唤出历代精英（即人类的天子），授其法术，共同对抗鬼族！
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剧情大纲
第一章三界将重合
近日，天子城怪事连连，闹得人心惶惶。关于三界重合的说法也众说纷纭。主角作为人界的代表，决定担起保护天子城百姓的使命。
种种可疑的迹象表明，这些事情都是鬼族向人界宣战的第一个信号。仙神魔三族的天子代表各自种族前来协助主角击退鬼族的袭击。
第二章 求助御林军
江湖势力对于三界重合之事看法不一，有人期待三界重合，也有人表示抗拒的态度。面对鬼族日渐嚣张的入侵，主角只好请求御林军的支援。
御林军表示朝廷不信任仙神魔，认为他们是混乱的根源，不屑与之合作。江湖最大的势力侠影门希望透过主角，以获得御林军的支援。在一次激战中，众人发现了魔界三尊之一的商纣王竟混在鬼族的阵营中。
第三章 纣王的叛变
姬发猜测，此时的商纣王已经实力大增，主角一人恐怕不是他的对手。便陪同主角前往魔界封印鬼族地狱入口的镇魂塔。
没想到镇魂塔其实是鬼族地狱的入口，且附近出现了神秘缺口，除了需要纣王的魔王之力，还得结合神族的雷神之锤才能轰开缺口。纣王乃魔界众人，一定有人给了他神锤才能做到，主角决定朝着这个线索展开调查。
原本恪守本分的纣王，心里始终念念不忘妲己，便答应放鬼族出来，以换得妲己重生的机会。而原本在上一场大战中战死的妲己，为了再次回到纣王身边，选择了替鬼族魅惑纣王。而两人不知自己的决定对三界造成的危害。最后，他们为此都付出了性命。
第四章 上古三大神器
除了只有神锤才能封印鬼族，还要同时集结仙神魔三界之力，才能把鬼族打回地狱。然而此时神锤下落不明，保管神锤的雷神天子项羽和乾坤天子刘邦为此大打出手，皆以为是对方拿走的，主角参与调查，并让两人和解。
刘邦和项羽告诉主角，两人各自保管的钥匙被人偷走了。而知道神族保管神锤机制的人，除了他们二人就只剩下赵匡胤了。赵匡胤似乎对神锤被盗一事欲言又止，主角一再追问，他才透露出侠影门门主龙戈尔是他的好朋友，龙戈尔对神族保管神锤的机制也略知一二。只是他并不知道此时的龙戈尔已经被魔化，偷走神锤的目的是为了让三界大乱，自己坐收渔利。
第五章消失的天剑
主角得知，上古三大神器“神锤”，“天剑”，“大地之根”分别给神界，仙界和魔界保管，这三样神器支撑着三界的运转，如今神锤破碎才令鬼族有机可乘，而“大地之根”一旦被摧毁，三界必定崩塌，人界也不能幸免，必须保证“大地之根”在魔界保存完好。
刘邦和项羽建议主角前往仙界魔界调查其他两个神器是否被偷走。
天剑本是由天女保管，姬发为了救姬考，连哄带骗让天女把天剑给他保管。
姬考得以复活，拿着天剑逃跑，却被龙戈尔蛊惑。魔族大部分人已经被鬼族侵噬，姬考也被魔化了。
第六章 大地之根
好在还有一部分人没有被魔族侵噬，大地之根就在这其中一部分人手上保管。仙族赶过来，发现魔族鬼族大战，仙族问大地之根的下落。杨广面对鬼族进攻，抵抗吃力，请求武则天支援，武则天却不愿帮助杨广。
大地之根不像其他两个神器都是输出型武器，它有净化三界的功能，武则天想用高僧来度化大地之根，每天都请和尚到殿中帮她度化，然而未果。杨广则误以为他们有什么见不得人的勾当。杨广一心只想守护魔界，对武则天心灰意冷，最后战死，魔族沦陷。
武则天带着大地之根逃跑，鬼族发动最后一波袭击，武则天替主角抵挡，临死前告诉了主角找和尚的真实原因，并道出生命之泉也可以度化大地之根。她拜托主角一定找到生命之泉，替她完成这个心愿。
