《超级数码进化》游戏拥有丰富的战斗策略，玩家可以通过阵容搭配，类型克制，进化时机，激活阵型加成等方式享受战斗策略，并且完成以弱胜强的战绩。
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阵容搭配
每一个宝贝都拥有各自的属性和技能链，有擅长防御的宝贝，擅长横排攻击的宝贝，擅长竖排攻击的宝贝，擅长治疗的宝贝，擅长叠加负面BUFF的宝贝等等，玩家可以通过自己的偏好进行阵容组合。
类型克制
宝贝与宝贝之间天生存在着阵容克制关系，疫苗型克制病毒型，病毒型克制数据型，数据型克制疫苗型。在战斗时，根据敌人的宝贝类型派遣不同类型的宝贝将成为胜利的关键。
上阵加成
根据原著设定，宝贝与宝贝之间存在着一定的势力归属和配合关系，当玩家派遣同一势力的宝贝一起上阵时，会得到额外的上阵加成。
进化时机、技能释放时机
战斗时，玩家可以通过点击宝贝头像释放宝贝大招，当宝贝可以进化时，还可以通过上滑头像让宝贝进化。
由于不同形态的宝贝有不同的战斗技能和定位，唯有在合适的时机进行操作，平衡能量消耗与进化的顺序，才是赢得战斗的关键。
