《风云2-唯一正版》雄霸自从被风云击败之后，天下会被来自东瀛的无神绝宫取代。东瀛无神绝宫的宫主绝无神，遂欲染指中土的皇位，于是派遣其子绝心假扮当今皇帝，欲靠退位让贤的阴谋，将皇位交给绝无神。
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风云二人亦被波及，出征迎战无神绝宫。风、云合力将无神绝宫铲除，而绝无神最后亦被其子绝心所杀。
期间聂风为救苍生，自甘入魔，向第一邪皇求绝强的魔刀迎战绝无神，更沦为魔道，不能自拨。步惊云为阻止聂风成魔，决一死战，最后双双堕崖，步惊云在聂风成魔之际破其真元，聂风回复清醒。步惊云随即把聂风及第二梦推回崖上，自己从此失踪。
当日聂风与步惊云死战，聂风回复本性，步惊云失踪。聂风从此浪迹江湖，搜寻步惊云下落，十二年后，才知道原来步惊云因为失忆，而留在一渔村生活，而各路江湖人物亦寻绝世好剑及步惊云而来，步惊云最终恢复记忆。从此风云再现武林。
正当此时武林中出现一股可怕势力——天门，几乎网罗了江湖的所有一等高手，其幕后的主脑“帝释天”，原来是两千年前为秦始皇寻得长生不老药的徐福，他独吞了凤血，两千年来凭着不死的身躯，遍习武林所有武学，功力已达天人境界。
他多年来一直隐居于冰川当中，直至龙元的出现。原来龙元与凤血有异曲同工之妙，同样能令人长生不老，因为他不想有人跟他一样，拥有不死之身，所以矢志夺取龙元。
屠龙取真元，必须齐集天下间的七大神兵，和六大高手的力量。帝释天软硬兼施，千方百计终于汇集七武器来屠龙。 一番激战，龙死，真元吐出，但众人争夺中，真元一分为七，断浪最后取得二颗，服下后功力大增而天下无敌。
后来风云二人决战帝释天，几经波折，在屡创的新招之下，终于将帝释天打败，复被断浪偷袭得手，杀死帝释天。
服下两颗龙元的断浪气焰嚣张，目空一切，欲置风云二人于死地。断浪最后虽被风云所灭，但风云二人亦因这场大战而长埋冰川之下，武林从此有十数年的风平浪静。
